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<\/p>\n
Pendant des d\u00e9cennies, les \u00e9volutionnistes ont affirm\u00e9 que nos corps et nos g\u00e9nomes sont remplis de parties et de mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique inutiles – des organes \u00ab\u00a0vestigiaux\u00a0\u00bb – qui montrent que la vie est le r\u00e9sultat d’une \u00e9volution non guid\u00e9e se produisant sur des temps imm\u00e9moriaux. Lors du proc\u00e8s Scopes en 1925, le biologiste \u00e9volutionniste Horatio Hackett Newman affirma qu’il y avait plus de 180 organes et structures vestigiaux dans le corps humain, nombre \u00ab\u00a0suffisant pour faire d’un homme un v\u00e9ritable mus\u00e9e ambulant d’antiquit\u00e9s157<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n Au fil du temps, cependant, ces pr\u00e9dictions concernant les organes vestigiaux du corps et l’ADN inutile ne se sont pas v\u00e9rifi\u00e9es. Au fur et \u00e0 mesure que les scientifiques ont appris \u00e0 mieux conna\u00eetre le fonctionnement de la biologie, des fonctions et des finalit\u00e9s importantes ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvertes pour ces structures dites vestigiales. En effet, en 2008, la revue New<\/em> Scientist<\/em> a rapport\u00e9 que, depuis l’\u00e9poque du professeur Newman, la liste des organes vestigiaux \u00ab\u00a0s’est allong\u00e9e, puis s’est \u00e0 nouveau r\u00e9duite\u00a0\u00bb au point qu’aujourd’hui \u00ab\u00a0les biologistes sont extr\u00eamement prudents lorsqu’il s’agit de parler d’organes vestigiaux158<\/sup>.\u00a0\u00bb Les structures qui \u00e9taient auparavant – et \u00e0 tort – consid\u00e9r\u00e9es comme vestigiales comprennent :<\/p>\n Malgr\u00e9 le fait attest\u00e9 d\u00e9plorable que les biologistes \u00e9volutionnistes ont toujours affirm\u00e9 que les organes n’\u00e9taient que des vestiges, ils ont appliqu\u00e9 ce m\u00eame type de r\u00e9flexion \u00e0 nos g\u00e9nomes. Beaucoup ont postul\u00e9 que la nature al\u00e9atoire des mutations remplirait nos g\u00e9nomes de d\u00e9chets g\u00e9n\u00e9tiques inutiles, surnomm\u00e9s \u00ab\u00a0ADN poubelle\u00a0\u00bb. Cette hypoth\u00e8se semble avoir \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9e lorsque l’on a d\u00e9couvert que seulement 2 % du g\u00e9nome humain interviennent dans le codage des prot\u00e9ines, laissant les 98 % restants inexpliqu\u00e9s. De nombreux scientifiques qui se font les porte-paroles de la biologie \u00e9volutive ont affirm\u00e9 que cette preuve constitue la preuve m\u00eame de l’\u00e9volution darwinienne qui cl\u00f4t le dossier :<\/p>\n \u00ab\u00a0\u00c0 moins que l’on ne soit pr\u00eat \u00e0 adopter la position selon laquelle Dieu a plac\u00e9 [de l’ADN r\u00e9p\u00e9titif non fonctionnel] dans ces positions pr\u00e9cises pour nous confondre et nous induire en erreur, la conclusion d’un anc\u00eatre commun pour les humains et les souris est pratiquement in\u00e9vitable167<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p><\/blockquote>\n Le probl\u00e8me avec ces arguments n’est pas tant th\u00e9ologique que scientifique : de nombreux exemples de fonction ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9couverts pour ce que l’on appelle l’ADN poubelle.<\/p>\n Le biologiste Richard Sternberg a \u00e9tudi\u00e9 la litt\u00e9rature et a trouv\u00e9 de nombreuses preuves d’une fonctionnalit\u00e9 pour l’ADN r\u00e9p\u00e9titif. Dans les Annals of New York Academy of Sciences,<\/em> il a d\u00e9couvert que les fonctions des r\u00e9p\u00e9titions comprennent la formation de structures nucl\u00e9aires d’ordre sup\u00e9rieur, de centrom\u00e8res, de t\u00e9lom\u00e8res et de centres de nucl\u00e9ation pour la m\u00e9thylation de l’ADN. Il a \u00e9t\u00e9 constat\u00e9 que l’ADN r\u00e9p\u00e9titif \u00e9tait impliqu\u00e9 dans la prolif\u00e9ration des cellules, les r\u00e9ponses au stress cellulaire, la traduction des g\u00e8nes et la r\u00e9paration de l’ADN168<\/sup>. Sternberg a conclu que \u00ab\u00a0le r\u00e9cit \u00e9go\u00efste de l’ADN et les cadres connexes doivent rejoindre les autres ‘ic\u00f4nes’ de la th\u00e9orie de l’\u00e9volution n\u00e9odarwinienne qui, malgr\u00e9 leurs divergences avec les preuves empiriques, persistent n\u00e9anmoins dans la litt\u00e9rature169<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n D’autres recherches ont continu\u00e9 \u00e0 d\u00e9couvrir des fonctions pour divers types d’ADN r\u00e9p\u00e9titif, notamment les \u00e9l\u00e9ments SINE170<\/sup>, LINE171<\/sup> et Alu172<\/sup>. Un article a m\u00eame sugg\u00e9r\u00e9 que des s\u00e9quences Alu<\/em> r\u00e9p\u00e9titives pourraient intervenir dans \u00ab\u00a0le d\u00e9veloppement de fonctions c\u00e9r\u00e9brales sup\u00e9rieures\u00a0\u00bb chez l’homme173<\/sup>. De nombreuses autres fonctions ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvertes pour divers types d’ADN non codant pour les prot\u00e9ines, notamment :<\/p>\n Sternberg, ainsi que le g\u00e9n\u00e9ticien James Shapiro de l’universit\u00e9 de Chicago, ont pr\u00e9dit en 2005 dans la revue Cytogenetic and Genome Research<\/em> qu'\u00a0\u00bbun jour, nous consid\u00e9rerons ce que l’on appelait autrefois ‘l’ADN poubelle’ comme un \u00e9l\u00e9ment essentiel de r\u00e9gimes de contr\u00f4le cellulaire v\u00e9ritablement ‘experts’181<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n Le jour pr\u00e9vu par Sternberg et Shapiro est peut-\u00eatre arriv\u00e9 plus t\u00f4t que pr\u00e9vu. En septembre 2012, la revue Nature<\/em> a publi\u00e9 les r\u00e9sultats d’un projet de recherche qui a dur\u00e9 un an, rassemblant plus de 400 scientifiques internationaux qui \u00e9tudient les fonctions de l’ADN non codant chez l’homme. Baptis\u00e9 le projet ENCODE, cet ensemble de 30 articles novateurs a montr\u00e9 que la \u00ab\u00a0majeure partie\u00a0\u00bb du g\u00e9nome est fonctionnelle. L’article principal faisant \u00e9tat des r\u00e9sultats d’ENCODE affirmait ce qui suit :<\/p>\n \u00ab\u00a0Ces donn\u00e9es nous ont permis d’attribuer des fonctions biochimiques \u00e0 80 % du g\u00e9nome, en particulier en dehors des r\u00e9gions codant pour les prot\u00e9ines bien \u00e9tudi\u00e9es182<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p><\/blockquote>\n Ewan Birney, le coordinateur principal de l’analyse des donn\u00e9es d’ENCODE a comment\u00e9 dans le magazine Discover<\/em> que puisqu’ENCODE n’a examin\u00e9 que 147 types de cellules, et que le corps humain en compte quelques milliers, \u00ab\u00a0il est probable que 80 % d’entre elles passent \u00e0 100 %183<\/sup>.\u00a0\u00bb Le m\u00eame article a cit\u00e9 Tom Gingeras, un scientifique en chef d’ENCODE, qui a not\u00e9 que \u00ab\u00a0presque chaque nucl\u00e9otide est associ\u00e9 \u00e0 une fonction d’une sorte ou d’une autre, et nous savons maintenant o\u00f9 ils se trouvent, ce qui les lie, quelles sont leurs associations, et plus encore184<\/sup>.\u00a0\u00bb Un autre commentaire dans Nature<\/em> a not\u00e9 que \u00ab\u00a080 % du g\u00e9nome contiennent des \u00e9l\u00e9ments li\u00e9s \u00e0 des fonctions biochimiques, ce qui dissipe l’opinion largement r\u00e9pandue selon laquelle le g\u00e9nome humain est essentiellement de l\u00a0\u00bbADN poubelle’185<\/sup>.\u00a0\u00bb Le Discover Magazine <\/em>l’a exprim\u00e9 ainsi : \u00ab\u00a0L’id\u00e9e essentielle est : ce n’est pas de l\u00a0\u00bbADN poubelle’186<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n Bien qu’il y ait encore beaucoup de choses que nous ne savons pas sur le g\u00e9nome, la tendance de la recherche pointe clairement dans une direction : plus nous \u00e9tudions le g\u00e9nome, plus nous d\u00e9tectons des fonctions pour l’ADN non codant. Pourtant, le paradigme de \u00ab\u00a0l’ADN poubelle\u00a0\u00bb, d\u00e9sormais controvers\u00e9, est n\u00e9 et s’est d\u00e9velopp\u00e9 dans le cadre du paradigme de l’\u00e9volution fond\u00e9 sur l’id\u00e9e selon laquelle notre g\u00e9nome a \u00e9t\u00e9 construit par des mutations al\u00e9atoires. Oui, quelques biologistes malhonn\u00eates ont os\u00e9 chercher une fonction pour l’ADN non codant, mais la vision darwinienne de la g\u00e9n\u00e9tique de \u00ab\u00a0l’ADN poubelle\u00a0\u00bb a g\u00e9n\u00e9ralement entrav\u00e9 les progr\u00e8s de la science, comme l’a admis un article paru en 2003 dans Science<\/em> :<\/p>\n \u00ab\u00a0Bien qu’accrocheur, l’expression ‘ADN poubelle’ a longtemps repouss\u00e9 les chercheurs traditionnels dans l’\u00e9tude de l’ADN non codant. Qui, \u00e0 part un petit nombre de clochards de la g\u00e9nomique, voudrait fouiller dans les d\u00e9chets de la g\u00e9nomique ? Cependant, en science comme dans la vie normale, il existe des clochards qui, au risque d’\u00eatre ridiculis\u00e9s, explorent des territoires impopulaires. \u00c0 cause d’eux, la vision de l’ADN poubelle, en particulier des \u00e9l\u00e9ments r\u00e9p\u00e9titifs, a commenc\u00e9 \u00e0 changer au d\u00e9but des ann\u00e9es 1990. Aujourd’hui, de plus en plus de biologistes consid\u00e8rent les \u00e9l\u00e9ments r\u00e9p\u00e9titifs comme un tr\u00e9sor g\u00e9nomique187<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p><\/blockquote>\n En d\u00e9pit des hypoth\u00e8ses darwiniennes r\u00e9pandues selon lesquelles le contraire serait vrai, l’article conclut que \u00ab\u00a0les \u00e9l\u00e9ments r\u00e9p\u00e9titifs ne sont pas de l’ADN poubelle inutile, mais plut\u00f4t des composants importants et int\u00e9graux188<\/sup>\u00a0\u00bb des g\u00e9nomes animaux. Des \u00e9tudes sugg\u00e8rent que ces longues portions d’ADN non codant entre les g\u00e8nes \u00ab\u00a0constituent une couche importante de r\u00e9gulation du g\u00e9nome dans un large \u00e9ventail d’esp\u00e8ces189<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n Comme les \u00e9l\u00e9ments r\u00e9p\u00e9titifs, les pseudog\u00e8nes sont un autre type d’ADN \u00ab\u00a0poubelle\u00a0\u00bb dont on d\u00e9couvre la fonctionnalit\u00e9. L’on pense que les pseudog\u00e8nes sont des copies de g\u00e8nes autrefois fonctionnels qui ont \u00e9t\u00e9 inactiv\u00e9s par des mutations. Un article paru dans Science Signaling<\/em> observe que \u00ab\u00a0les pseudog\u00e8nes ont longtemps \u00e9t\u00e9 consid\u00e9r\u00e9s comme de l’ADN poubelle190<\/sup>\u00ab\u00a0, mais note que les pseudog\u00e8nes sont des copies de g\u00e8nes autrefois fonctionnels qui ont \u00e9t\u00e9 inactiv\u00e9s par des mutations :<\/p>\n \u00ab\u00a0Des avanc\u00e9es r\u00e9centes ont \u00e9tabli que l’ADN d’un pseudog\u00e8ne, l’ARN transcrit d’un pseudog\u00e8ne ou la prot\u00e9ine traduite d’un pseudog\u00e8ne peuvent avoir des fonctions multiples et diverses et que ces fonctions peuvent affecter non seulement leurs g\u00e8nes parents, mais aussi des g\u00e8nes non apparent\u00e9s. Par cons\u00e9quent, les pseudog\u00e8nes sont apparus comme une classe de modulateurs sophistiqu\u00e9s de l’expression des g\u00e8nes, jusqu’alors peu consid\u00e9r\u00e9s, avec une implication multiforme dans la pathogen\u00e8se du cancer humain191<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p><\/blockquote>\n En effet, les fonctions de nombreux pseudog\u00e8nes ont d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvertes192<\/sup> ; le projet ENCODE \u00e0 lui seul a trouv\u00e9 plus de 850 pseudog\u00e8nes qui sont \u00ab\u00a0transcrits et associ\u00e9s \u00e0 la chromatine active193<\/sup>.\u00a0\u00bb Mais que font exactement ces pseudog\u00e8nes ? Un article paru en 2011 dans la revue RNA<\/em> affirme \u00e0 nouveau qu’ils peuvent r\u00e9guler l’expression des g\u00e8nes :<\/p>\n \u00ab\u00a0Les pseudog\u00e8nes ont longtemps \u00e9t\u00e9 qualifi\u00e9s d’ADN ‘poubelle’, des copies rat\u00e9es de g\u00e8nes qui apparaissent au cours de l’\u00e9volution des g\u00e9nomes. Cependant, des r\u00e9sultats r\u00e9cents remettent en question cette appellation ; en effet, certains pseudog\u00e8nes semblent receler le potentiel de r\u00e9guler leurs cousins codant pour des prot\u00e9ines194<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p><\/blockquote>\n De m\u00eame, un article publi\u00e9 en 2012 dans la revue RNA Biology<\/em> d\u00e9clarait que \u00ab\u00a0les pseudog\u00e8nes ont longtemps \u00e9t\u00e9 consid\u00e9r\u00e9s comme de l’ADN poubelle g\u00e9nomique\u00a0\u00bb, mais que \u00ab\u00a0la r\u00e9gulation des pseudog\u00e8nes est tr\u00e8s fr\u00e9quente195<\/sup>\u00a0\u00bb dans les organismes multicellulaires complexes. L’article sugg\u00e9rait l’hypoth\u00e8se selon laquelle \u00ab\u00a0la grande abondance et la conservation des pseudog\u00e8nes dans une multitude d’esp\u00e8ces indiquent que des pressions s\u00e9lectives pr\u00e9servent ces \u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9tiques et sugg\u00e8rent qu’ils peuvent effectivement remplir des fonctions biologiques importantes196<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n Les pseudog\u00e8nes sont un autre bon exemple de la fa\u00e7on dont les biologistes darwiniens ont suppos\u00e9 qu’un type d’ADN non codant qu’ils ne comprenaient pas \u00e9tait un d\u00e9chet g\u00e9n\u00e9tique sans fonction, et ont donc ignor\u00e9 leurs fonctions. En effet, l’article pr\u00e9cit\u00e9 dans RNA Biology<\/em> explique qu’une des raisons pour lesquelles les \u00e9volutionnistes ont \u00e9t\u00e9 si lents \u00e0 abandonner l’hypoth\u00e8se selon laquelle les pseudog\u00e8nes sont des d\u00e9chets est que leurs fonctions sont difficiles \u00e0 d\u00e9tecter. Les auteurs observent que \u00ab\u00a0presque tous les pseudog\u00e8nes qui pr\u00e9sentent une activit\u00e9 biologique significative sont exprim\u00e9s dans des tissus ou des lign\u00e9es cellulaires sp\u00e9cifiques\u00a0\u00bb, ce qui signifie que seuls des tissus ou des lign\u00e9es cellulaires sp\u00e9cifiques peuvent utiliser un pseudog\u00e8ne donn\u00e9 pour une certaine fonction. En outre, il est difficile de d\u00e9tecter la fonction des pseudog\u00e8nes car nous n’avons pas les outils de recherche n\u00e9cessaires pour comprendre comment ils influencent l’expression des g\u00e8nes. L’article pr\u00e9dit que \u00ab\u00a0de plus en plus de pseudog\u00e8nes fonctionnels seront d\u00e9couverts au fur et \u00e0 mesure du d\u00e9veloppement de nouvelles technologies biologiques\u00a0\u00bb et conclut que \u00ab\u00a0l’\u00e9tude des pseudog\u00e8nes fonctionnels n’en est qu’\u00e0 ses d\u00e9buts197<\/sup>.\u00a0\u00bb En effet, deux biologistes de premier plan qui \u00e9crivent dans l’Annual Review of Genetics<\/em> ont indiqu\u00e9 que \u00ab\u00a0les pseudog\u00e8nes qui ont \u00e9t\u00e9 convenablement \u00e9tudi\u00e9s ont souvent des r\u00f4les fonctionnels198<\/sup>.\u00a0\u00bb<\/p>\n De nombreux biologistes \u00e9volutionnistes sont convaincus que nos g\u00e9nomes sont pleins de d\u00e9chets et r\u00e9sistent \u00e0 l’interpr\u00e9tation selon laquelle pratiquement tout l’ADN est fonctionnel. En effet, un manuel d’\u00e9volution de 2012 enseigne que \u00ab\u00a0plus de la moiti\u00e9 du g\u00e9nome n’est compos\u00e9e ni de g\u00e8nes, ni de vestiges de g\u00e8nes humains, ni de r\u00e9gions r\u00e9gulatrices. Au contraire, elle est constitu\u00e9e de segments d’ADN semblables \u00e0 des parasites199<\/sup>…\u00a0\u00bb Pendant ce temps, les preuves continuent de pointer dans la direction oppos\u00e9e. Bien qu’il en reste beaucoup \u00e0 apprendre sur le fonctionnement de notre g\u00e9nome, la tendance de la recherche est sans ambigu\u00eft\u00e9 : plus nous \u00e9tudions l’ADN non codant, plus nous trouvons des preuves de fonctionnalit\u00e9 sur de vastes portions de l’ADN.<\/p>\n 157<\/sup> Horatio Hackett Newman, cit\u00e9 dans The World’s Most Famous Court Trial: Tennessee Evolution Case,<\/em> 2e \u00e9d. (Dayton, TN : Bryan College, 1990), 268. Voir \u00e9galement Robert Wiedersheim, The Structure of Man: An Index to His Past History<\/em> (Londres : MacMillan and Co, 1895 ; r\u00e9imprim\u00e9 par Kessinger, 2007.)<\/p>\n 158<\/sup> Laura Spinney, \u00ab\u00a0Vestigial organs: Remnants of evolution\u00a0\u00bb, New Scientist,<\/em> 2656 (14 mai 2008), \u00e0 l’adresse http:\/\/www.newscientist.com\/article\/mg19826562.100-vestigial-organs-remnants-of-evolution.html<\/a>.<\/p>\n 159<\/sup> Sylvia S. Mader, Inquiry into Life,<\/em> 10e \u00e9dition (McGraw Hill, 2003), 293.<\/p>\n 160<\/sup> Laura Spinney, \u00ab\u00a0The Five things humans no longer need\u00a0\u00bb, New Scientist<\/em> (19 mai 2008), \u00e0 l’adresse http:\/\/www.newscientist.com\/article\/dn13927-five-things-humans-no-longer-need.html<\/a>.<\/p>\n 161<\/sup> Douglas Theobald, \u00ab\u00a029+ Evidences for Macroevolution\u00a0\u00bb, TalkOrigins.org, \u00e0 http:\/\/www.talkorigins.org\/faqs\/comdesc\/section2.html<\/a>.<\/p>\n 162<\/sup> Voir Loren G. Martin, \u00ab\u00a0Quelle est la fonction de l’appendice humain ? Scientific American (21 octobre 1999), \u00e0 l’adresse suivante : http:\/\/www.scientificamerican.com\/article.cfm?id=what-is-the-function-of-t<\/a>.<\/p>\n 163<\/sup> William Parker a cit\u00e9 Charles Q. Choi, \u00ab\u00a0The Appendix\u00a0\u00bb : The Appendix : Useful and in Fact Promising\u00a0\u00bb, LiveScience<\/em> (24 ao\u00fbt 2009.)<\/p>\n 164<\/sup> Miller, \u00ab\u00a0Life’s Grand Design\u00a0\u00bb, 24-32. Miller cite les \u00ab\u00a0g\u00e8nes orphelins\u00a0\u00bb, mais ceux-ci ne sont normalement pas consid\u00e9r\u00e9s comme des g\u00e8nes non fonctionnels. Les g\u00e8nes orphelins sont plut\u00f4t des g\u00e8nes fonctionnels qui n’ont aucune homologie connue avec un autre g\u00e8ne. Ces g\u00e8nes orphelins constituent la preuve d’une conception intelligente car il n’y a pas de source plausible produisant leurs informations.<\/p>\n 165<\/sup> Richard Dawkins, \u00ab\u00a0The Information Challenge\u00a0\u00bb, The Skeptic<\/em>, 18 (d\u00e9cembre 1998.)<\/p>\n 166<\/sup> Francis Collins, The Language of God: A Scientist Presents Evidence for Belief<\/em> (New York : Free Press, 2006), 136-37.<\/p>\n 167<\/sup> Ibid<\/em>, pp. 134-137.<\/p>\n 168<\/sup> Richard Sternberg, \u00ab\u00a0On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic- Epigenetic System\u00a0\u00bb, Annals of the New York Academy of Sciences,<\/em> 981 (2002) : 154-88.<\/p>\n 169<\/sup> Ibid<\/em>.<\/p>\n 170<\/sup> Ibid<\/em>.<\/p>\n 171<\/sup> Tammy A. Morrish, Nicolas Gilbert, Jeremy S. Myers, Bethaney J. Vincent, Thomas D. Stamato, Guillermo E. Taccioli, Mark A. Batzer et John V. Mora \u00ab\u00a0DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition\u00a0\u00bb, Nature Genetics<\/em>, 31 (juin 2002) : 159-65.<\/p>\n 172<\/sup> Galit Lev-Maor, Rotem Sorek, Noam Shomron et Gil Ast, \u00ab\u00a0The birth of an alternatively spliced exon : 3\u2032 splice-site selection in Alu exons\u00a0\u00bb, Science<\/em>, 300 (23 mai 2003) : 1288-91 ; Wojciech Makalowski, \u00ab\u00a0Not junk after all\u00a0\u00bb, Science<\/em>, 300 (23 mai 2003) : 1246-47.<\/p>\n 173<\/sup> Nurit Paz-Yaacova, Erez Y. Levanonc, Eviatar Nevod, Yaron Kinare, Alon Harmelinf, Jasmine Jacob-Hirscha, Ninette Amariglioa, Eli Eisenbergg et Gideon Rechavi, \u00ab\u00a0Adenosine-to-inosine RNA editing shapes transcriptome diversity in primates\u00a0\u00bb, Proceedings of<\/em> the National Academy of Sciences USA,<\/em> 107 (6 juillet 2010) : 12174-79.<\/p>\n 174<\/sup> Morrish et coll., \u00ab\u00a0DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition\u00a0\u00bb, 159-65 ; Annie Tremblay, Maria Jasin et Pierre Chartrand, \u00ab\u00a0A Double-Strand Break in a Chromosomal LINE Element Can Be Repaired by Gene Conversion with Various Endogenous LINE Elements in Mouse Cells\u00a0\u00bb, Molecular and Cellular<\/em> Biology<\/em>, 20 (janvier 2000) : 54-60 ; Ulf Grawunder, Matthias Wilm, Xiantuo Wu, Peter Kulesza, Thomas E. Wilson, Matthias Mann et Michael R. Lieber, \u00ab\u00a0Activity of DNA ligase IV stimulated by complex formation with XRCC4 protein in mammalian cells\u00a0\u00bb, Nature<\/em>, 388 (31 juillet 1997) : 492-95 ; Thomas E. Wilson, Ulf Grawunder et Michael R. Lieber, \u00ab\u00a0Yeast DNA ligase IV mediates non-homologous DNA end joining\u00a0\u00bb, Nature, 388 (31 juillet 1997) : 495-98.<\/p>\n 175<\/sup> Richard Sternberg et James A. Shapiro, \u00ab\u00a0How repeated retroelements format genome function\u00a0\u00bb, Cytogenetic<\/em> and Genome Research<\/em>, 110 (2005) : 108-116.<\/p>\n 176<\/sup> Jeffrey S. Han, Suzanne T. Szak et Jef D. Boeke, \u00ab\u00a0Transcriptional disruption by the L1 retrotransposon and implications for mammalian transcriptomes\u00a0\u00bb, Nature<\/em>, 429 (20 mai 2004) : 268-74 ; Bethany A. Janowski, Kenneth E. Huffman, Jacob C. Schwartz, Rosalyn Ram, Daniel Hardy, David S. Shames, John D. Minna et David R. Corey, \u00ab\u00a0Inhibiting gene expression at transcription start sites in chromosomal DNAs with antigene RNAs\u00a0\u00bb, Nature<\/em> Chemical Biology<\/em>, 1 (septembre 2005) : 216-22 ; J. A. Goodrich et J. F. Kugel, \u00ab\u00a0Non-coding-RNA regulators of RNA polymerase II transcription\u00a0\u00bb, Nature<\/em> Reviews Molecular and Cell Biology<\/em>, 7 (ao\u00fbt 2006) : 612-16 ; L.C. Li, S. T. Okino, H. Zhao, H., D. Pookot, R. F. Place, S. Urakami, H. Enokida et R. Dahiya, \u00ab\u00a0Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells\u00a0\u00bb, Proceedings<\/em> of the National Academy of Sciences<\/em> USA<\/em>, 103 (14 novembre 2006) : 17337-42 ; A. van de Lagemaat, J. R. Landry et D. L. Mager, P. Medstrand, \u00ab\u00a0Transposable elements in mammals promote regulatory variation and diversification of genes with specialized functions\u00a0\u00bb, Trends in Genetics<\/em>, 19 (octobre 2003) : 530-36 ; S. R. Donnelly, T. E. Hawkins et S. E. 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Carmichael, \u00ab\u00a0Alu element-mediated gene silencing\u00a0\u00bb, The<\/em> EMBO Journal<\/em> 27 (2008) : 1694-1705 ; Jerzy Jurka, \u00ab\u00a0Evolutionary impact of human Alu repetitive elements\u00a0\u00bb, Current Opinion in Genetics & Development, <\/em>14 (2004) : 603-8 ; G. Lev-Maor et coll., \u00ab\u00a0The birth of an alternatively spliced exon: 3\u2032 splice-site selection in Alu exons\u00a0\u00bb, 1288-91 ; E. Kondo-Iida, K. Kobayashi, M. Watanabe, J. Sasaki, T. Kumagai, H. Koide, K. Saito, M. Osawa, Y. Nakamura et T. Toda, \u00ab\u00a0Novel mutations and genotype-phenotype relationships in 107 families with Fukuyama-type congenital muscular dystrophy (FCMD)\u00a0\u00bb, Human Molecular Genetics,<\/em> 8 (1999) : 2303-09 ; John S. Mattick et Igor V. Makunin, \u00ab\u00a0Non-coding RNA\u00a0\u00bb, Human<\/em> Molecular Genetics,<\/em> 15 (2006) : R17-R29.<\/p>\n 179<\/sup> M. Mura, P. Murcia, M. Caporale, T. E. Spencer, K. Nagashima, A. Rein et M. Palmarini, \u00ab\u00a0Late viral interference induced by transdominant Gag of an endogenous retrovirus\u00a0\u00bb, Proceedings of<\/em> the National Academy of Sciences USA<\/em>, 101 (27 juillet 2004) : 11117-22 ; M. M. Mura, P. Murcia, M. Caporale, T. E. Spencer, K. Nagashima, A. Rein et M. Palmarini, \u00ab\u00a0Late viral interference induced by transdominant Gag of an endogenous retrovirus\u00a0\u00bb, Proceedings of<\/em> the National Academy of Sciences USA<\/em>, 101 (27 juillet 2004) : 11117-22 ; M. Kandouz, A. Bier, G. D Carystinos, M. A Alaoui-Jamali et G. Batist, \u00ab\u00a0Connexin43 pseudogene is expressed in tumor cells and inhibits growth\u00a0\u00bb, Oncogene<\/em>, 23 (2004):4763-70.<\/p>\n 180<\/sup> K. A. Dunlap, M. Palmarini, M. Varela, R. C. Burghardt, K. Hayashi, J. L. Farmer et T. E. Spencer, \u00ab\u00a0Endogenous retroviruses regulate periimplantation placental growth and differentiation\u00a0\u00bb, Proceedings of the National Academy<\/em> of<\/em> Sciences USA<\/em>, 103 (26 septembre 2006):14390-95 ; L. Hyslop, M. Stojkovic, L. Armstrong, T. Walter, P. Stojkovic, S. Przyborski, M. Herbert, A. Murdoch, T. Strachan et M. Lakoa, \u00ab\u00a0Downregulation of NANOG Induces Differentiation of Human Embryonic Stem Cells to Extraembryonic Lineages\u00a0\u00bb, Stem Cells,<\/em> 23 (2005) : 1035-43 ; E. Peaston, A. V. Evsikov, J. H. Graber, W. N. de Vries, A. E. Holbrook, D. Solter et B. B. Knowles, \u00ab\u00a0Retrotransposons Regulate Host Genes in Mouse Oocytes and Preimplantation Embryos\u00a0\u00bb, Developmental Cell<\/em>, 7 (octobre 2004) : 597-606.<\/p>\n 181<\/sup> Richard Sternberg et James A. Shapiro, \u00ab\u00a0How repeated retroelements format genome function\u00a0\u00bb, Cytogenetic<\/em> and Genome Research<\/em>, 110 (2005) : 108-116.<\/p>\n 182<\/sup> Le consortium du projet ENCODE, \u00ab\u00a0An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome<\/span>\u00ab\u00a0, Nature<\/em>, 489:57-74 (6 septembre 2012.)<\/p>\n 183<\/sup> Ewan Birney, cit\u00e9 dans Ed Yong, \u00ab\u00a0ENCODE: the rough guide to the human genome\u00a0\u00bb, Discover Magazine<\/em> (5 septembre 2012), \u00e0 l’adresse http:\/\/blogs.discovermagazine.com\/notrocketscience\/2012\/09\/05\/encode-the-rough-guide-to-the-human-genome\/<\/a>.<\/p>\n 184<\/sup> Tom Gingeras, cit\u00e9 dans Ed Yong, \u00ab\u00a0ENCODE: the rough guide to the human genome\u00a0\u00bb, Discover Magazine<\/em> (5 septembre 2012), \u00e0 l’adresse http:\/\/blogs.discovermagazine.com\/notrocketscience\/2012\/09\/05\/encode-the-rough-guide-to-the-human-genome\/<\/a>.<\/p>\n 185<\/sup> Joseph R. Ecker, \u00ab\u00a0Serving up a genome feast\u00a0\u00bb, \n
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R\u00e9f\u00e9rences :<\/h3>\n